マルハンは、スポーツ庁より「従業員の健康増進のためにスポーツの実施に向けた積極的な取組を行っている企業」として「スポーツエールカンパニー2023」に認定された。
同社は従業員とその家族の健康に関わる施策として、マルハン健康保険組合との協働でチーム参加型のウォーキングイベントやスポーツテストなど、健康意識やヘルスリテラシーを高めるイベントを開催し、スポーツ活動の促進と従業員が楽しみながら自発的に健康管理を行う風土の醸成に取り組んでいる。
また、2006年からはパラアスリートの雇用を行っており、現在はチェアスキーヤーの狩野亮選手、電動車椅子サッカーの永岡真理選手、平野誠樹選手の3名が同社に所属。その他、フルタイムアスリートとして、トライアスロンの大野雄一朗選手をフルタイムアスリートに認定し、スポンサー費用や活動費用の補助、遠征等のための特別休暇付与などの支援を行っている。
チーム参加型ウォーキングイベント
（2019年～）健康保険組合とのコラボヘルスとして、チーム参加型のウォーキングイベントを年に複数回開催。チームメンバーや他チームとの交流を通じて、職場内コミュニケーションが活性化されたとの声も。直近（2022年6月）の開催では、全従業員の22.7%にあたる約2,400名が参加。回を重ねるごとに参加者は増加している。
スポーツテスト
（2017年～）健康保険組合とのコラボヘルスとして、スポーツテストを年１回開催。健康増進に役立てもらうことを目的に、文科省が定める「新体力テスト」の6項目から体力年齢を判定するほか、50ｍ走、歯科健診、トランポリン体験なども実施。2017年度 約220名（東京）、2018年度 約800名（全国6か所）、2019年度 1400名（全国18カ所）が参加。（2020～2022年度は新型コロナの影響により中止）
パラアスリートの雇用
狩野亮選手（チェアスキーヤー）
パラリンピック5大会（トリノ・バンクーバー・ソチ・平昌・北京）連続出場。バンクーバー大会（2010年）スーパー大回転 金メダル、ソチ大会（2014年）滑降およびスーパー大回転 金メダル。
永岡真理選手（電動車椅子サッカー）
「Yokohama Crackers」の副キャプテン兼選手。 2013年第1回アジア・太平洋・オセアニア選手権大会優勝。 日本電動車椅子サッカー選手権大会2017優勝・MVP獲得
フルタイムアスリートの認定・支援
マルハン東日本カンパニーでは東日本カンパニー社員の大野雄一朗選手（トライアスロン2022年年代別日本ランキング4位）をフルタイムアスリートに認定。他の従業員と雇用条件は変わらないものの、認定条件（日本大会、国際大会でのランキングを基準にBランク～Sランク）に応じてスポンサー費用や活動費用の補助、遠征等のための特別休暇付与などの支援を行っている。
健康づくりニュースの発行
社内報で健康にまつわる情報を年4回発信。また、マルハン健康保険組合からも年に１回機関紙を発行。健康情報のほか各種費用の補助について周知したり、簡単にできる運動や筋トレなどを紹介している。